Øjensygdomme varetager forebyggelse, diagnostik, behandling, pleje og rehabilitering af patienter med øjensygdomme på et dokumenteret grundlag, og som er afstemt med befolkningens behov, etiske forventninger, og den øjenfaglige udvikling. Den faglige afgrænsning kan defineres ved:

• Sjældne eller komplicerede øjensygdomme som det ikke er muligt at opnå rutine i at varetage i øjenlægepraksis.
• Almindelige øjensygdomme i det omfang det er nødvendigt for at kunne sikre en høj faglig ekspertise, uddanne øjenlæger, samt for at kunne initiere og deltage i sikring og udvikling af den faglige kvalitet.
• Øjensygdomme driver desuden på non-profit basis en biobank som fremstiller produkter til behandling af øjensygdomme og blindhed.

Øjensygdommes organisation er ændret betydeligt gennem de seneste år. Alle afdelingens fastansatte læger er i dag tilknyttet en speciel gruppefunktion med en ansvarlig overlæge. Tilsvarende er der fast tilknyttet specialuddannede sygeplejersker og sekretærer til de enkelte enheder. Uddannelsessøgende læger turnerer mellem de forskellige grupper således at den yngre læge får kendskab til alle de oftalmologiske sub-specialer. Øjensygdomme har siden april 1999 ikke haft egen sengeafdeling. Næsten alle operationer og behandlinger foretages i dag ambulant og udenbys patienter kan anvende patienthotel. Øjensygdomme har egen operationsgang med 4 operationsstuer udrustet til øjenmikrokirurgi. Den centrale dagkirurgiske afdeling på Aarhus Universitetshospital anvendes ved skele- og øjenlågsoperationer.