Aarhus Universitetshospital ledes af en hospitalsledelse på 5 personer, som består af 1 hospitalsdirektør, 1 direktør, 2 lægefaglige direktører og 1 sygeplejefaglig direktør.
Hospitalsstaben understøtter hospitalsledelsen og de kliniske afdelinger med forskellige indsatser og opgaver. Ledelsen i hospitalsstaben består af en stabschef og 4 chefer med hvert deres ansvarsområde.